Die Implementierung mit HTML und JavaScript bringt leider einige Einschränkungen mit sich. Da aus Sicherheitsgründen mit JavaScript nicht auf die Daten von anderen Dokumenten in einem anderen Frame zugegriffen werden darf (z.B. Lesen von Titel und URL), kann AlterNav nur innerhalb einer Domäne funktionieren. Es bietet sich dadurch als Ergänzung für die Navigation in einem umfangreichen Seitenangebot oder für die Nutzung in einem Intranet an.

Einem Seitenangebot kann die Funktionalität von AlterNav problemlos durch Kopieren der entsprechenden Dateien auf den Server hinzugefügt werden. Allerdings müssen die Seiten, die mit AlterNav benutzt werden sollen, bestimmte Kriterien erfüllen. Externe Links führen zu den beschriebenen Sicherheitsproblemen und erzeugen deshalb Fehlermeldungen. Das Problem kann dadurch umgangen werden, daß alle externen Links in einem separaten Fenster angezeigt werden. Mit dem HTML-Attribut "target='name'" wird ein solches Fenster geöffnet. Ist dabei "name" immer gleich, wird auch immer dasselbe Fenster benutzt. Die Darstellung in einem Frame bedingt, daß als "target" für Links niemals "_top" angegeben werden darf, wodurch der Frame nämlich "gesprengt" würde. Bestehen die Seiten selber aus Frames, bekommt AlterNav Änderungen in Unterframes nicht mit. Deshalb sollten in dem Fall für jede Unterseite der Frameset mit anderem Titel neu aufgebaut werden. Als Nebeneffekt können damit auch wieder problemlos normale Lesezeichen auf solch eine Seite gesetzt werden.

Aufgrund eines Programmfehlers der UNIX-Versionen des Netscape-Browsers funktioniert AlterNav damit nicht korrekt. Dort wird nämlich für Dokumente in Frames immer eine leere Zeichenkette als Titel geliefert.